Diagnostic, Surveillance et Epidémiologie

(Manager: Sébastien Massart)

Un diagnostic fiable des agents phytopathogènes est un élément essentiel pour développer une lutte intégrée contre les maladies des plantes et pour suivre leur évolution dans l’espace et dans le temps. Ce suivi permet d’assurer une surveillance de ces maladies et d’étudier leur épidémiologie et leur écologie.

Depuis plus de 30 ans, le laboratoire développe, valide et applique des méthodes innovantes de diagnostic des agents phytopathogènes. Les développements actuels visent à utiliser rationnellement les techniques de séquençage haut-débit (HTS) pour caractériser des agents phytopathogènes connus ou inconnus à l’échelle de la plante, de l’écosystème ou d’une région. Dans ce contexte, l’analyse bioinformatique des données de séquençage haut-débit a pris une place importante dans la recherche et le développement menés au sein du laboratoire.

Une équipe internationale travaille au sein de cet axe : Fanny Leleux (doctorante), François Maclot (postdoc), Nuria Fontdevila (doctorante), Lavena Van Cranenbroeck (doctorante), Rachid Tahzima (postdoc), Angelo Locicero (technicien), Vanessa Derycker (technicienne), Johnny Masangwa (doctorant), Liu Shangwu (doctorant), Serkan Onder (postdoc) et Nikolay Simankov (Doctorant).

Cet axe de recherche se développe au travers de plusieurs projets en collaboration avec des partenaires nationaux et internationaux (cf. carte):

• Diagnostic des virus des bananiers (2022-2025) : en support des activités du Germplasm Health Unit de Bioversity International, de nouveaux protocoles de diagnostic sont développés
• Etiologie – Identification de nouveaux phytovirus : des training school internationales sont organisées en vue d’identifier les virus présents dans des échantillons symptomatiques d’étiologie inconnue. Leur séquençage haut-débit permet d’identifier les virus présents.
• Doctoral program on virology (2015 – 2026) : les virus des arbres fruitiers et de la pomme de terre sont étudiés par le HTS en collaboration avec la Chinese Academy of Agricultural Sciences
• GENOPREDICT (2022-2025): prédiction des propriétés biologiques des nouveaux virus par application des outils de l'intelligence artificielle sur des données génomiques et protéomiques
• VIRIA (2022-2026): optimisation de l'utilisation des outils de l'intelligence artificielle dans le domaine de la biologie
• VITIBEL (2023-2026): enquête nationale sur la présence des virus, viroides et phytoplasmes infectant la vigne en Belgique en vue de prévenir les épidémies et d'informer les parties prenantes
• VIRISK (2024-2027): evaluation des risques posés par de nouveaux virus identifiés par séquençage haut-débit

Ancien projets: ByPOP (2017-2019); Inextvir (2019-2023); Valitest (2018-2021); Ecovir (2016-2019); SEVIPLANT (2018-2021); VIRFAST (2018-2020); PHBN (2019-2021); iCARE (2017-2021)

Les chercheurs interagissent au travers de collaboration avec de nombreux pays dans le monde :

Contact: Sébastien Massart | Liste des publications